Биоинформатика

В последние годы молекулярная биология переживает смену парадигмы — она становится, точнее, уже стала, наукой, богатой данными. Впервые оказывается возможным посмотреть на работу клетки в целом, проанализировать одновременно все метаболические пути или регуляторные взаимодействия. Биоинформатика является ключевым источником нового знания, получаемого из массовых, так называемых «омиксных» данных. При этом не просто решаются технические вопросы хранения и передачи огромных объемов данных, но и разрабатываются методы, позволяющие делать на основе этих данных содержательные биологические утверждения. С другой стороны, анализ таких данных позволяет предсказывать функции конкретных генов и то, как регулируется их работа.

В конечном счете, использование биоинформатических методов позволяет предсказывать свойства организма по его геному: эта задача уже может быть решена для бактерий. С фундаментальной же точки зрения, биоинформатика смыкается с молекулярной эволюцией и сравнительной геномикой в попытках понять механизмы эволюции белков, генов, регуляторных сетей и целых геномов.

Темы платформы

  • data analysis in molecular biology,
  • bioinformatic algorithms,
  • transcriptomics,
  • regulation of gene expression,
  • RNA secondary structure,
  • chromatin 3D structure,
  • functional annotation of genes and genomes,
  • comparative genomics,
  • molecular evolution.

 

Вторник, 4 октября, 9.40–11.40

Аудитория 301

Руководитель: Михаил Гельфанд 

 

9.40 – 10.00    

Intragenic compensation in deep mutational scanning data. Василий Раменский
10.00 – 10.10 Mutation bias in driver genes reveals distribution of fitness effects of oncogenic mutations. Анастасия Столярова
10.10 – 10.30  B-cell conformational epitope prediction pipeline based on deep transfer learning models. Татьяна Шашкова

10.30 – 10.50            

Using the Hobotnica metric to assess differential methylation signature. Алексей Ступников
10.50 – 11.10 Зависимость частоты эктопической генной конверсии от взаимного расположения паралогов в мейотическом хроматине. Ольга Вахрушева
11.10 – 11.20 Degradation of dietary carbohydrates in the human gut microbiome. Герман Ашниев
11.20 – 11.40 Консервативность неконсенсусных нуклеотидов в сайтах связывания факторов транскрипции. Евгения Белоусова

 

Вторник, 4 октября, 12.00–14.00

Аудитория 301

Руководитель: Михаил Гельфанд 

 

12.00 – 12.20 Hourglass model in insect metamorphosis. Александра Озерова
12.20 – 12.40 Gene expression stability at high evolutionary distances. Анна Клепикова

 12.40 – 13.00

Chromatin architecture changes in the aging brain. Екатерина Храмеева
13.00 – 13.10 Отличия в трехмерной структуре хроматина между нейрональными и глиальными клетками. Илья Плетенев
13.10 – 13.20 Elongated chromatin dots in D. discoideum. Ирина Жегалова

13.20 – 13.30           

Сравнительный анализ данных РНК-белковых и РНК-хроматиновых взаимодействий на примере данных fRIP-Seq. Даниил Хлебников
13.30 – 13.40 Изучение роли структуры хроматина в промотор-энхансерных взаимодействиях у млекопитающих. Кристина Перевощикова
13.40 – 13.50 Особенности эволюции С-концевого домена белков нуклеоплазминового семейства. Валерий Вяльцев
13.50 – 14.00 HPC cluster “Vavilon”: proposed architecture. Дмитрий Виноградов

 

Биоинформатика: Постерные доклады

 

Б1. scHobotnica: exploring molecular signature quality of scRNAseq datasets. Павел Ахтямов.

Б2. Динамика dN/dS на малых эволюционных расстояниях. Евгения Белоусова.

Б3. Анализ множественно картированных прочтений в Red-C эксперименте. Екатерина Бердникович.

Б4. Анализ роли локальной вторичной структурированности у некодирующих РНК в их формировании РНК-хроматинового интерактома. Олеся Богомаз.

Б5. Генетические нарушения у пациентов с легочной атериальной гипертензией. Галина Охрименко.

Б6. Поиск и изучение полу-экстрагируемых РНК. Анна Валяева.

Б8. Поиск геномных маркеров холодоустойчивости на примере комара-звонца Diamesa permacra (Walker, 1856) (Diptera: Chironomidae) – обитателя холодных водотоков. Яна Дрозд.

Б9.Ассоциация редких вариантов с фенотипом некомпактного миокарда левого желудочка в российской популяции. Екатерина Зайченока.

Б10. Исследование взаимосвязи между пространственными взаимодействиями и функциональной принадлежностью генов в различных типах клеток дрозофилы. Анна Кононкова.

Б11. Исследование схожести HLA аллелей матери и плода как возможного фактора выживаемости плода. Мария Корлякова.

Б12. Нейрофиброматоз II типа: трудности дифференциальной диагностики и молекулярно-генетические предикторы течения заболевания. Елизавета Макашова.

Б13. Поиск гетеродуплексов в данных взаимодействия РНК с хроматином. Иван Марков.

Б15. Избегание презентации антигенов как фактор эволюции SARS-CoV-2. Екатерина Рюмина.

Б16. База данных RNA-Chrom открывает новые возможности для анализа РНК-хроматинового интерактома. Григорий Рябых.

Б19. Поиск возможностей анализа низкоэкспрессируемых РНК по данным РНК-секвенирования единичных клеток. Мария Точилкина.

Б20. Signatures of selection against stop codon readthrough in populations of D. melanogaster and H. sapiens. Владимир Шиков.

Б21. Using the Hobotnica metric to assess differential methylation signature. Анна Будкина.

Б22. Patterns of multiple replicons’ sizes in bacteria. Наталья Драненко.

Б23. Сравнительный анализ данных экспериментов Red-C и Hi-C. Дмитрий Звездин.