Алексей Пенин
ИППИ РАН

Высокопроизводительное секвенирование для всех и пусть никто не уйдет обиженным

Высокопроизводительное секвенирование стало широко используемой методикой в большинстве современных биологических исследований: от генетики и молекулярной биологии до таких классических наук, как ботаника и зоология. К сожалению, существенная часть данных, полученная этим методом, остается не использованной. Это происходит преимущественно из-за непонимания представителями разных областей биологии особенностей планирования экспериментов с использованием технологии высокопроизводительного секвенирования, корректной оценки ее возможностей и стоимости эксперимента. Как правило, исследователи отдают образцы в центр коллективного пользования, который функционирует в данном случае в режиме «черного ящика» - заказчики получают сырые данные, не представляя всех ступеней и особенностей их получения. Дальнейший анализ может затрудняться ошибками при постановке задачи, планировании эксперимента или сбора образцов, что приводит к невозможности разумной биологической интерпретации. Все это приводит к необходимости повышения квалификации не только аспирантов, но и научных сотрудников. Однако это в свою очередь наталкивается на то, что большая часть программ для анализа данных работает в операционной системе Linux, знание которой, как правило, не является сильной стороной научных сотрудников биологических направлений. Помимо этого, особенности преподавания математики для большинства биологических специальностей не дают необходимой основы для понимания алгоритмов, лежащих в основе таких программ, и как следствие не дают возможности осмысленного выбора параметров. С одной стороны, проблема может быть решена и решается организацией магистерских программ или краткосрочных курсов повышения квалификации. С другой стороны, как показывает практика, при их прохождении часто возникает ряд проблем, связанных с неоптимальной структурой программы и темпами обучения. Возможно ли решить эти проблемы, переведя высокопроизводительное секвенирование в область рутинных методик большинства биологических лабораторий? Мы надеемся, что да.